Composta por três departamentos, a secretaria fica responsável por uma série de assuntos relacionados a estrangeiros, a cooperação jurídica internacional, a classificação indicativa e qualificação de entidades sociais. Esse trabalho está a cargo de três departamentos:

Departamento de Estrangeiros: responsável pela prorrogação de vistos; residências temporárias e permanentes de estrangeiros; naturalizações; transferência de presos estrangeiros para seu país de origem; e medidas compulsórias (deportações, extradições e expulsões). O Departamento também troca informações com a Interpol sobre foragidos da Justiça brasileira.

Departamento de Recuperação de Ativos e Cooperação Jurídica Internacional (DRCI): articula ações para a recuperação de ativos provenientes da lavagem de dinheiro e do crime organizado transnacional, crimes que combate. É responsável pelos acordos de cooperação jurídica internacional, entre o Brasil e outros países, nas esferas penal e civil.

Departamento de Justiça, Classificação, Títulos e Qualificação: faz classificação indicativa dos programas da TV aberta, filmes, cinema e games. Também analisa os pedidos para conceder ou não registro para organizações estrangeiras, para organizações da sociedade civil de interesse público e para entidades de utilidade pública federal. Ainda sob a responsabilidade do departamento está a política de Enfrentamento ao Tráfico de Pessoas.

Órgão criado em 2001 com a finalidade de examinar os pedidos de anistia política de cidadãos perseguidos por causa do período de exceção em atos cometidos de 18 de setembro de 1946 até 5 de outubro de 1988. As solicitações deferidas são um pedido oficial de desculpas aos perseguidos políticos, promovendo a reconciliação e a retomada da confiança cívica das vítimas.

É composta por 24 conselheiros de todas as regiões do Brasil. Até 2011, a Comissão recebeu mais de 70 mil pedidos e apreciou 60 mil deles.

A Comissão de Anistia também promove ações para preservação e divulgação da memória política do país. Entre elas estão o projeto Marcas da Memória, que fomenta iniciativas artísticas e culturais da sociedade civil organizada, e a construção do Memorial da Anistia, em Belo Horizonte.

Integrado por um Museu e um Centro de Pesquisa, o Memorial será um local de homenagem às vítimas. Ficará também responsável pela guarda do acervo da Comissão de Anistia, um dos mais completos fundos documentais sobre a repressão no Brasil, composto por diversos documentos oficiais, de época e, ainda, relatos e depoimentos das vítimas.

Responsável por coordenar as ações de segurança relativas à Copa das Confederações de 2013, à Copa do Mundo de 2014, aos Jogos Olímpicos e a outros grandes eventos sediados no Brasil, a Secretaria Extraordinária de Segurança de Grandes Eventos foi criada em agosto de 2011.

Vai integrar as forças policias existentes no país, criar padrões de atendimento e treinamento e deixar um legado de segurança, tanto do ponto de vista tecnológico, como de infraestrutura e capacitação.

É sua missão promover a integração de polícias dos estados das doze cidades-sede com as Polícias Federal e Rodoviária Federal, além da Força Nacional de Segurança Pública, além de polícias estrangeiras, como a Organização Internacional de Polícia Criminal (Interpol). Essa integração vai envolver também outros órgãos federais, estaduais e municipais (Anvisa, Corpo de Bombeiros, Defesa Civil, concessionárias de energia, gás, luz).

É o órgão responsável por executar a política penitenciária estabelecida pelo Ministério da Justiça. Cabe ao Depen garantir que as normas de execução penal sejam aplicadas de forma adequada em todo o Brasil.

Também apóia os estados brasileiros na implantação das unidades e serviços penais e na formação de recursos humanos do sistema penitenciário. Faz a gestão dos recursos arrecadados pelo Fundo Penitenciário Nacional (Funpen) e mantém o Conselho Nacional de Política Criminal e Penitenciária (CNPCP).

O Depen ainda mantém o Sistema Penitenciário Federal, composto por quatro penitenciárias de segurança máxima, com detentos de alta periculosidade, localizadas em Campo Grande, Catanduvas, Mossoró e Porto Velho. A quinta unidade será construída em Brasília; o início das obras está previsto para 2012.

É responsável pela coordenação e articulação de políticas públicas relacionadas à redução da demanda de drogas no Brasil. Passou a fazer parte da estrutura do Ministério da Justiça em janeiro de 2011. Antes disso, integrava a estrutura do gabinete da Presidência da República.

A secretaria promove estudos e pesquisas, além de ações de prevenção e capacitação dos atores sociais que trabalham diretamente com o tema das drogas, como educadores, profissionais das áreas de saúde, segurança pública e operadores de direito. A Senad também promove parcerias com a comunidade científica e cooperação internacional.

Entre suas principais ações, a Senad coordena o eixo “Prevenção” no programa Crack, é possível vencer e realiza campanhas para informar, orientar e prevenir a população sobre o uso do crack e de outras drogas, como o serviço de atendimento telefônico gratuito de orientação e informação sobre drogas VivaVoz (132), o Portal Enfrentando o Crack www.brasil.gov.br/enfrentandoocrack e o Observatório Brasileiro de Informações sobre Drogas (OBID) – www.obid.senad.gov.br