Composta por três departamentos, a secretaria fica responsável por uma série de assuntos relacionados a estrangeiros, a cooperação jurídica internacional, a classificação indicativa e qualificação de entidades sociais. Esse trabalho está a cargo de três departamentos:
Departamento de Estrangeiros: responsável pela prorrogação de vistos; residências temporárias e permanentes de estrangeiros; naturalizações; transferência de presos estrangeiros para seu país de origem; e medidas compulsórias (deportações, extradições e expulsões). O Departamento também troca informações com a Interpol sobre foragidos da Justiça brasileira.
Departamento de Recuperação de Ativos e Cooperação Jurídica Internacional (DRCI): articula ações para a recuperação de ativos provenientes da lavagem de dinheiro e do crime organizado transnacional, crimes que combate. É responsável pelos acordos de cooperação jurídica internacional, entre o Brasil e outros países, nas esferas penal e civil.
Departamento de Justiça, Classificação, Títulos e Qualificação: faz classificação indicativa dos programas da TV aberta, filmes, cinema e games. Também analisa os pedidos para conceder ou não registro para organizações estrangeiras, para organizações da sociedade civil de interesse público e para entidades de utilidade pública federal. Ainda sob a responsabilidade do departamento está a política de Enfrentamento ao Tráfico de Pessoas.